会社・法人登記とは？設立から変更手続きまで詳しく解説

こんにちは。こだま司法書士です。

会社・法人登記を調べていると、会社設立を自分でする方法、必要書類、費用、オンライン申請、役員変更、本店移転、登記簿謄本の取り方など、知りたい情報が次々に出てきますよね。

しかも、株式会社と合同会社では手続きや費用が異なり、会社を設立した後も、役員の重任、商号や事業目的の変更、本店移転などに応じて変更登記が必要になります。期限を過ぎると過料の対象になる可能性もあるため、何となく後回しにするのは少し危険です。

この記事では、会社登記と法人登記の違いから、設立登記の流れ、必要書類、費用、変更登記、オンライン申請、自分で手続きを行う場合の注意点まで、初めての方にも分かるように整理します。

会社をこれから作る方だけでなく、登記内容をしばらく確認していない経営者の方にも役立つ内容です。あなたの会社に今どの手続きが必要なのか、一緒に確認していきましょう。

• 会社登記と法人登記の違い
• 株式会社と合同会社の設立手続き
• 設立登記や変更登記にかかる費用
• 申請期限を過ぎた場合のリスク

会社・法人登記の基本と設立手続き

まずは、会社・法人登記がどのような制度なのかを確認しましょう。会社の種類を決め、定款を作成し、必要書類をそろえて法務局へ申請するまでの全体像が分かると、手続きの迷路にも出口が見えてきます。

会社登記と法人登記の違い

会社・法人登記とは、組織の名称、所在地、代表者、事業目的などの重要な情報を法務局の登記記録に公示する制度です。法務省も、商業登記・法人登記を、商号・名称や所在地、役員の氏名等を公示する制度として案内しています。

取引先や金融機関は、登記事項証明書を確認することで、その組織が本当に存在するのか、誰に代表権があるのか、どのような事業を行う法人なのかを確認できます。登記は、会社や法人の身分証明書のような役割を持っているわけですね。

一般に会社登記と呼ばれるものは、法律上は主に商業登記に該当します。対象となるのは、株式会社、合同会社、合資会社、合名会社などの会社です。制度全体は法務省の商業・法人登記の案内でも確認できます。

一方、法人登記は、一般社団法人、一般財団法人、NPO法人、社会福祉法人、学校法人など、会社以外の法人に関する登記を指します。実務では、これらをまとめて商業・法人登記や会社・法人登記と呼ぶことがあります。

ここでいう会社・法人登記は、会社や法人そのものの商号、名称、本店、役員、代表者、資本金などを公示する手続きです。会社や法人が所有している土地・建物の所有者名、住所、抵当権などを変更する不動産登記とは別の手続きになります。

また、会社や法人が土地・建物を購入、売却、担保設定、担保抹消する場合は、不動産側の登記も関係します。会社・法人登記と不動産登記の全体像を分けて確認したい場合は、不動産登記の種類と手続きも参考になります。

登記簿謄本と登記事項証明書

現在は、会社情報がコンピューターで管理されているため、正式には登記事項証明書と呼ばれます。ただし、以前の紙の登記簿の呼び方が残り、今でも登記簿謄本という言葉が広く使われています。

提出先によって求められる証明書が異なるため、取得前に種類と発行期限を確認しておくと安心です。

株式会社と合同会社の選び方

会社設立を考えるとき、多くの方が最初に迷うのが株式会社と合同会社のどちらを選ぶかです。

株式会社は、株式を発行して資金を集める仕組みを持ち、出資者である株主と会社を経営する取締役を分けられます。一般的な知名度が高く、将来の出資受入れや組織拡大を考えている場合に選ばれやすい会社形態です。

合同会社は、出資者である社員が原則として経営にも参加する会社形態です。定款認証が不要で、設立時の登録免許税も株式会社より低いため、小規模な事業や家族経営、一人会社などで選ばれることがあります。

費用だけを見ると合同会社が有利ですが、会社形態は、設立費用ではなく将来の事業計画から逆算して選ぶことが大切です。

たとえば、外部投資家からの出資を予定している、将来株式を譲渡したい、取引先から株式会社であることを求められるといった事情があるなら、最初から株式会社を選ぶ方がよい場合があります。

反対に、出資者が少人数で変わる予定がなく、設立費用と運営負担を抑えたい場合は、合同会社が合っているかもしれません。

会社設立登記の流れ

会社設立は、いきなり法務局へ申請するわけではありません。会社の基本事項を決め、定款を作成し、出資金を払い込んだうえで設立登記を申請します。

準備から登記後の届出までを順番に確認したい場合は、会社設立の準備・費用・手続きの流れも参考にしてください。

会社の基本事項を決める

最初に、商号、本店所在地、事業目的、資本金、出資者、役員、事業年度などを決めます。

特に事業目的は、現在行う事業だけでなく、近い将来に開始する予定の事業も検討しておきましょう。事業目的に記載していない事業を後から追加する場合、株主総会などの決議と目的変更登記が必要になり、登録免許税も発生します。

ただし、将来行う可能性がほとんどない事業を大量に並べると、金融機関や取引先から会社の実態が分かりにくいと見られることがあります。何でも詰め込めば強い定款になるわけではありません。

定款を作成する

定款は、会社の基本ルールを定める書類です。株式会社では、作成した定款について公証人の認証を受けます。合同会社では、公証人による定款認証は必要ありません。

株式会社の定款を紙で作成すると、原則として収入印紙が必要です。電子定款で作成すれば、この印紙代を抑えられます。ただし、電子署名や申請環境の準備が必要になるため、自分で行う場合は設定に少し手間がかかるかもしれません。

資本金を払い込む

定款を作成した後、発起人などの個人口座へ資本金を払い込みます。まだ会社が成立しておらず、法人名義の口座を開設できないためです。

払込みが確認できる通帳の表紙、口座情報のページ、入金記録のページなどを利用して、払込みを証する書面を作成します。入金日や振込名義、払込額を確認できる状態にしておきましょう。

法務局へ設立登記を申請する

必要書類がそろったら、本店所在地を管轄する法務局へ申請します。申請方法は、窓口、郵送、オンライン申請などです。

設立登記の申請日が、原則として会社の成立日になります。ただし、2026年2月2日からは、一定の要件を満たす場合に、土日祝日などの行政機関の休日を会社・法人の設立日として指定できる特例が始まっています。

登記完了後の届出を行う

設立登記が完了しても、手続きは終わりではありません。税務署、都道府県、市区町村、年金事務所などへの届出が必要になります。

• 税務署への法人設立届出書
• 青色申告の承認申請書
• 給与支払事務所等の開設届出書
• 都道府県や市区町村への法人設立届
• 健康保険や厚生年金保険の新規適用手続き
• 従業員を雇用する場合の労働保険や雇用保険の手続き

国税庁の案内では、法人設立届出書は設立の日、つまり設立登記の日以後2か月以内に提出するとされています。設立第1期から青色申告を利用する場合は、設立後3か月を経過する日と最初の事業年度終了日のうち、いずれか早い日の前日までが提出期限です。税務届出は国税庁の新設法人の届出書類で確認できます。

社会保険、地方税、労働保険などの期限や必要書類は状況によって異なります。日本年金機構は、法人事業所などが健康保険・厚生年金保険の適用対象になる場合、新規適用届を事実発生から5日以内に提出すると案内しています。登記完了後に考えるのではなく、設立準備の段階で届出予定表を作っておくと抜けを防げますよ。

設立登記の必要書類

設立登記の必要書類は、株式会社か合同会社か、取締役会を設置するか、現物出資があるかなどによって変わります。

一般的な発起設立による株式会社と合同会社の主な書類は、次のとおりです。

申請書に記載する商号、本店所在地、資本金、役員の氏名などは、定款や添付書類と一致させなければなりません。番地の表記、旧字体、ハイフンと丁目番地の違いなど、小さな不一致が補正につながることもあります。

オンライン申請では、添付書類にも電子署名が必要になる場合があります。一部を書面で提出する方法もありますが、完全オンライン申請とは取扱いが異なります。

書面申請で法人実印を使用する場合は、印鑑届書を同時に提出するのが一般的です。完全なオンライン申請では印鑑提出を省略できる場合がありますが、銀行取引や不動産取引などで法人の印鑑証明書を求められることもあるため、設立後の利用場面まで考えて判断してください。

設立費用と軽減制度

会社設立費用は、登録免許税、定款認証手数料、定款の印紙代、証明書取得費用、印鑑作成費用、専門家報酬などで構成されます。

以下の金額は、一般的な会社設立を前提とした目安です。資本金、定款の内容、申請方法、制度改正などによって変わるため、正確な情報は国税庁、法務局、公証役場などの公式情報をご確認ください。

登録免許税

国税庁の登録免許税の税額表では、株式会社設立登記は資本金額の0.7％、15万円に満たないときは15万円、合同会社設立登記は資本金額の0.7％、6万円に満たないときは6万円とされています。たとえば、資本金100万円で株式会社を設立する場合、100万円の0.7％は7,000円ですが、最低額を下回るため登録免許税は15万円です。

同じ資本金100万円で合同会社を設立する場合も、計算額は7,000円ですが、最低額の6万円が適用されます。詳細は国税庁の登録免許税の税額表をご確認ください。

株式会社の定款認証手数料

株式会社の定款認証手数料は、定款に記載された資本金額などに応じて区分されます。公証人手数料は改定されることがあるため、申請時点の公証役場の案内を確認してください。

資本金額などが100万円未満で、発起人全員が自然人かつ少人数であること、発起人が設立時発行株式の全部を引き受けること、取締役会を設置しないことなど、一定の条件を満たす場合は、通常より低い手数料区分が適用されることがあります。実際に該当するかは、定款認証を受ける公証役場へ確認してください。

このほか、定款謄本の交付手数料などがかかります。紙の定款には原則4万円の収入印紙が必要ですが、電子定款では不要です。

特定創業支援等事業の軽減制度

認定市区町村などが行う特定創業支援等事業を利用し、自治体から証明書を取得すると、一定の要件のもとで設立登記の登録免許税が軽減される場合があります。

中小企業庁は、特定創業支援等事業を受け、自治体が発行する証明書を取得することで、会社設立時の登録免許税の軽減措置を受けられる場合があると案内しています。多くの自治体では、経営、財務、人材育成、販路開拓などに関する継続的な支援を受けることが証明書交付の条件です。必要な受講回数や期間は自治体によって異なります。

軽減制度には適用期限や要件があります。数値はあくまで一般的な目安として捉え、会社設立時点の制度を自治体、中小企業庁の会社設立時の登録免許税軽減の案内、法務局などで確認してください。

会社・法人登記の変更と申請実務

会社を設立した後も、登記事項に変更があれば変更登記が必要です。特に役員の任期満了は、本人が引き続き役員を続ける場合でも登記が必要になるため、忘れやすいポイントです。

変更登記が必要な主な場面

会社の登記記録には、商号、本店所在地、事業目的、資本金、役員などが記録されています。これらに変更が生じた場合は、原則として実際の状態に合わせて変更登記を行います。

主な変更登記は次のとおりです。

• 取締役や代表取締役などの就任、退任、重任
• 会社名である商号の変更
• 事業目的の追加や変更
• 本店所在地の移転
• 資本金の増加や減少
• 支店の設置、移転、廃止
• 会社の解散や清算人の就任

登記が必要かどうかは、単に会社内部で何かが変わったかではなく、法律上の登記事項に変更が生じたかで判断します。

たとえば、会社の電話番号、ホームページ、通常使用する屋号が変わっても、原則として変更登記は必要ありません。一方、代表取締役の氏名や本店所在地が変わった場合は登記が必要です。

主な変更登記の登録免許税

同じ登録免許税区分に属する変更を一つの申請で行える場合は、別々に申請するより負担を抑えられることがあります。登録免許税の区分は、国税庁の税額表や法務局で申請内容ごとに確認してください。

たとえば、同じ株主総会で商号変更と事業目的変更を決議し、一つの申請として行う場合、一般には登録免許税を3万円の区分内で処理できることがあります。ただし、変更内容や申請の組み合わせによって扱いが異なるため、事前確認が必要です。

法人が不動産を購入または売却する場合は、会社内部の決議や代表者確認に加えて、不動産の所有権移転登記が問題になります。会社の株主、社員、役員が変わることと、不動産所有者が変わることは別です。不動産の所有者変更を確認したい場合は、原因別に確認する不動産の名義変更をご覧ください。

増資では募集株式の発行、払込み、資本金計上、資本準備金などを確認します。減資では、会社の種類や内容に応じて債権者保護手続、公告、異議申述期間、効力発生日などが問題になります。増資をすれば必ず信用力が上がる、減資をすれば必ず節税できる、と一律に判断することはできません。税務上の影響は税理士等へ確認してください。

解散登記をしただけで会社が直ちに完全に消滅するわけではありません。解散後は清算人が清算事務を行い、債権者への公告、債務の弁済、残余財産の分配、決算報告などを経て、清算結了登記へ進みます。税務申告、社会保険、許認可の廃止届などは別に確認が必要です。

役員変更と本店移転の手続き

役員変更登記

役員変更登記は、会社登記の中でも特に忘れやすい手続きです。期限を過ぎた場合の対応は、役員変更登記を忘れたときの過料と対処法で確認できます。

株式会社の取締役には任期があり、原則として選任後2年以内に終了する事業年度のうち、最終のものに関する定時株主総会の終結時までとされています。非公開会社では、定款によって最長10年まで伸長できる場合があります。

ここで注意したいのが重任です。同じ人が引き続き取締役になる場合でも、任期満了に伴って再び選任したのであれば、重任の登記が必要です。

役員変更では、株主総会議事録、株主リスト、就任承諾書、本人確認証明書、辞任届などが必要になります。誰が、どの理由で、いつ退任または就任したのかによって必要書類が変わります。

代表取締役等住所非表示措置

2024年10月1日から、一定の要件の下で、株式会社の代表取締役、代表執行役、代表清算人の住所の一部を登記事項証明書等に表示しない代表取締役等住所非表示措置が設けられています。

この制度は、代表者住所そのものが登記されなくなる制度ではありません。登記申請書には住所の記載が必要であり、住所変更があった場合の登記義務も免除されません。また、登記事項証明書等で代表者住所を証明できなくなることで、金融機関の融資、不動産取引、許認可などで追加書類を求められる可能性があります。

本店移転登記

本店移転では、現在の本店と移転先が同じ法務局の管轄内か、別の管轄になるかによって手続きと登録免許税が変わります。

同一管轄内の移転では、一つの法務局に本店移転登記を申請します。管轄外へ移転する場合は、旧所在地と新所在地に関する登記が必要となり、旧所在地を管轄する法務局を経由して申請します。

また、定款に本店所在地を市区町村まで記載している場合、別の市区町村へ移転するには定款変更が必要です。株式会社では、原則として株主総会の特別決議を行います。

同じ市区町村内であっても、取締役会設置会社かどうか、定款にどこまで所在地を記載しているかによって、取締役会決議や取締役の決定など、必要な社内手続きが異なります。

法人が所有する不動産がある場合は、本店移転登記や商号変更登記とは別に、不動産登記名義人の住所・名称変更を確認します。会社法人等番号を利用した職権登記の仕組みが関係する場合もありますが、すぐに登記記録へ反映されるとは限らないため、売却、融資、担保設定などを急ぐときは個別に確認してください。具体的な期限と必要書類は、法人所有不動産の本店移転後に必要な住所変更登記で確認できます。

申請期限と過料のリスク

会社の登記事項に変更が生じた場合、会社法上、原則として本店所在地で変更日から2週間以内に変更登記を申請します。

この期間を過ぎた状態は登記懈怠と呼ばれます。また、役員の任期が満了しているのに株主総会などで後任者や重任者を選任していない状態は、選任懈怠と呼ばれることがあります。

登記期限を過ぎたからといって、後から申請できなくなるわけではありません。しかし、会社法などに基づき、登記を怠った代表者個人が100万円以下の過料に処される可能性があります。

登記の遅れは、過料だけの問題ではありません。登記事項証明書を見た金融機関や取引先から、会社の管理体制に疑問を持たれる可能性があります。

融資、補助金、許認可、重要契約、事業承継、会社売却などの場面では、登記記録と実態が一致しているか確認されます。役員変更や本店移転を放置したままでは、必要な手続きが止まってしまうこともあります。

会社や法人が所有する不動産について借入金を完済した場合は、会社・法人登記ではなく、担保権を消す不動産登記が必要になることがあります。完済後の担保整理は、住宅ローン等完済後の抵当権抹消登記で確認できます。

みなし解散にも注意

最後の登記から12年を経過した株式会社は、休眠会社として整理作業の対象になる可能性があります。一般社団法人や一般財団法人は、最後の登記から5年を経過した場合が対象です。

法務大臣による公告後、定められた期間内に必要な登記または事業を廃止していない旨の届出を行わなければ、実際には営業を続けていても、解散したものとみなされる場合があります。

登記事項証明書や印鑑証明書を取得していても、変更登記をしたことにはなりません。長期間登記をしていない会社は、定款と登記事項証明書を照合し、役員任期を確認してください。

期限を過ぎていることに気づいた場合は、さらに放置せず、株主総会などの必要な社内手続きを整えたうえで、速やかに変更登記を進めることが大切です。

自分で行う申請方法と注意点

会社・法人登記は、必ず司法書士へ依頼しなければならないわけではありません。会社の代表者本人が、窓口、郵送、オンラインで申請することもできます。

自分で申請する最大のメリットは、司法書士報酬を抑えられることです。会社法や登記の仕組みを学べる点も、経営者にとっては意味があります。

一方で、書類作成、議事録、定款、添付書類、登録免許税、申請方法を自分で確認する時間が必要です。補正が発生すると、設立日や変更登記の完了予定がずれることもあります。

郵送申請の注意点

郵送申請では、追跡できる郵送方法を利用し、封筒に登記申請書在中と分かるように記載しておくと安心です。レターパックには追跡機能がありますが、一般に損害賠償の対象にはならないため、高額な収入印紙や重要な原本を送る場合は、書留なども検討してください。

登録免許税を収入印紙で納付する場合は、納付用台紙に貼り付け、申請者側で消印をしないようにします。法務局が受理後に処理するためです。

定款、議事録などの原本を返してもらう場合は、原本還付の手続きも必要です。原本のコピーを作成し、原本と相違ない旨を記載して、原本と一緒に提出します。郵送で返却を受ける場合は、返信用封筒や郵送料も準備します。

オンライン申請の注意点

オンライン申請では、登記・供託オンライン申請システムを利用します。法務局へ出向く負担を減らせる一方、電子証明書、電子署名、申請用ソフト、添付情報の形式などを理解する必要があります。

法人設立ワンストップサービスを利用すると、登記だけでなく、設立後の税務や社会保険などの手続きをまとめて進められる場合があります。ただし、対象手続きや利用環境は変更されることがあるため、申請時点の公式案内を確認してください。

単純な一人会社で内容を十分に理解できている場合は、自分で進める選択肢もあります。一方、設立日を動かせない場合や、定款設計に不安がある場合は、専門家へ依頼した方が全体のコストを抑えられることもあります。

会社登記のよくある質問

会社・法人登記は自分でできますか？

会社の代表者本人が申請することは可能です。法務局が公開している申請書様式や記載例を確認し、必要書類をそろえて申請します。

ただし、法務局の相談では、会社の事業計画に合わせた定款設計や、どの機関設計が有利かといった個別判断まで依頼できるとは限りません。書類の形だけでなく、内容の判断に不安がある場合は司法書士へ相談してください。

会社設立には何日かかりますか？

定款や必要書類が完成していれば、登記申請自体は行えますが、事前準備には一定の時間がかかります。株式会社では公証役場との定款認証手続きも必要です。

登記完了までの日数は、法務局の混雑、申請方法、書類の内容、補正の有無によって変わります。特定の日までに登記事項証明書が必要な場合は、余裕を持って準備しましょう。

土日祝日を会社の設立日にできますか？

2026年2月2日以降は、登記が成立要件となる会社・法人について、一定の要件を満たせば行政機関の休日を設立日として指定できます。指定日の直前の開庁日に申請し、申請書へ特例を求める旨と指定登記日を記載する必要があります。郵送やオンラインでは到達・受付時刻にも注意してください。

資本金は1円でも設立できますか？

法律上は、資本金1円で株式会社や合同会社を設立することも可能です。しかし、設立できることと、事業を安定して運営できることは別の話です。

資本金は、創業後の家賃、仕入れ、人件費、広告費、設備費などを支える初期資金になります。金融機関、取引先、許認可の審査で確認される場合もあるため、必要な運転資金から逆算して決めることをおすすめします。

法人実印は作らなくてもよいですか？

完全オンライン申請では、法務局への印鑑提出を省略できる場合があります。

ただし、金融機関との取引、不動産取引、融資、契約などで法人実印や印鑑証明書を求められることがあります。法務局への届出が不要な申請方法であっても、設立後の実務を考えると法人実印を作成し、印鑑を届け出る方が便利な場合があります。

変更登記の期限を過ぎたらどうすればよいですか？

期限を過ぎても変更登記の申請はできます。まず、定款、株主総会議事録、役員の就任日や退任理由などを確認し、必要な社内手続きを整えます。

日付を実際と異なる内容にしたり、過去にさかのぼって事実のない議事録を作成したりしてはいけません。現在の状況だけでなく、いつ何が起きたのかを整理したうえで申請する必要があります。

複数回の役員任期が経過している、株主が変わっている、代表者と連絡が取れないなど、事実関係が複雑な場合は、早めに司法書士へ相談してください。

会社登記を司法書士へ依頼するメリットは何ですか？

司法書士へ依頼すると、登記に必要な書類作成、申請代理、法務局との補正対応などを任せられます。

会社設立では、事業目的、役員任期、公告方法、株式譲渡制限、取締役会の有無などを、将来の運営に合わせて検討できます。変更登記では、過去の議事録や登記記録を確認し、現在の状態へ整えるための手順を整理できます。

司法書士報酬はかかりますが、経営者が本業へ使う時間、補正や再申請のリスク、将来の変更費用まで含めて比較することが大切です。

会社・法人登記のまとめ

会社・法人登記は、会社や法人の名称、所在地、代表者、事業目的などを公示し、取引の安全と組織の信用を支える制度です。

会社設立では、株式会社と合同会社の違いを理解し、商号、本店所在地、事業目的、資本金、役員構成などを決めたうえで、定款作成、資本金の払込み、設立登記へ進みます。

設立後も、役員変更、本店移転、商号変更、事業目的変更、増資などがあれば変更登記が必要です。特に役員の重任登記は忘れやすいため、定款と役員任期を定期的に確認してください。

費用や制度、必要書類は、会社形態や申請内容、法改正によって変わります。この記事に記載した数値はあくまで一般的な目安です。正確な情報は公式サイトをご確認ください。

会社設立や変更登記は、内容を誤ると許認可、融資、契約などに影響する可能性があります。最終的な判断は専門家にご相談ください。

こだま司法書士事務所では、会社設立、役員変更、本店移転、商号変更、事業目的変更などの会社・法人登記に関するご相談を承っています。会社登記、法人所有不動産、税務、社会保険、許認可などのうち、どこから相談すべきか整理したい場合は、個人情報を入力する前の整理用ページとしてこだま相談ナビで相談内容を整理することもできます。

参考となる公式情報

• 法務局｜商業・法人登記申請手続
• 法務省｜商業・法人登記
• 法務省｜株式会社の設立手続
• 法務省｜合同会社の設立手続
• 法務省｜代表取締役等住所非表示措置
• 法務省｜休眠会社・休眠一般法人の整理作業
• 国税庁法人番号公表サイト｜法人番号とは
• 国税庁｜登録免許税の税額表
• 日本公証人連合会｜定款認証
• 中小企業庁｜会社設立時の登録免許税軽減
• 国税庁｜新設法人の届出書類
• 日本年金機構｜新規適用の手続き
• 日本司法書士会連合会｜司法書士の業務